В 1414 г. Гус был вызван на Констанцский собор, имевший целью объединить Римскую католическую церковь и прекратить Великий западный раскол, который к этому времени уже привёл к троепапству. Причем император Сигизмунд обещал Гусу личную безопасность. Однако, когда Гус прибыл в Констанц и получил охранную грамоту, оказалось, что Сигизмунд дал ему обычную подорожную грамоту. В присутствии папы (впоследствии признанного антипапой) Иоанна XXIII и членов Собора против Гуса выдвинули обвинение в ереси и организации изгнания немцев из Пражского университета. Ян Гус прибыл в Констанц в ноябре 1414 года, а в декабре он был арестован и заключен в одной из комнат дворца. Когда некоторые друзья Гуса обвинили Собор в нарушении закона и императорской клятвы о безопасности Гуса, папа ответил, что он лично ничего никому не обещал и не связан обещанием, которое дал император. Когда же императору Сигизмунду напомнили о данном им обещании, он отказался вмешиваться и защищать Гуса. Это принесло ему много неприятностей впоследствии, когда в 1419 г. он стал королем Чехии и был вовлечен в опустошительные Гуситские войны. Поначалу Гус отказывался говорить на допросах, и чтобы он начал говорить, ему зачитали смертный приговор, который можно было сразу же привести в исполнение, если Гус не будет защищаться.
Вскоре Иоанн XXIII бежал из Констанца, так как собор потребовал его отречения. Это ещё сильнее ухудшило положение Гуса, который раньше содержался относительно почётно как пленник папы, а теперь был предан констанцскому архиепископу, который посадил его на хлеб и воду.
8 мая 1415 года моравская шляхта направила Сигизмунду петицию с требованием освободить Гуса и дать ему слово на соборе. 12 мая такой же протест выразил сейм Чехии и Моравии, а позже чешское и польское дворянство, находившееся в Констанце. Чтобы удовлетворить их, Сигизмунд организовал слушание дела Гуса на соборе, которое проходило с 5 по 8 июня. После вынесения смертного приговора Гусу, Сигизмунд и архиепископы много раз приходили к Гусу с просьбой, чтобы он отрёкся от своих убеждений, но он этого не делал.
1 июля Ян Гус направил собору послание, в котором окончательно отказался отречься от своих убеждений. 6 июля 1415 г. Ян Гус, отказавшийся отречься от своих «заблуждений», по приговору собора был сожжён на костре. С его казнью связан ряд легенд. Так, старушке, из благочестивых побуждений подложившей вязанку хвороста в его костёр, он якобы воскликнул: «О, святая простота!» (O sancta simplicitas!). А также предсказал появление через сто лет великого реформатора, чьи начинания не будут уничтожены (Мартина Лютера), сказав: «Я-то — Гусь, а за мной придёт Лебедь!». Через некоторое время на костре был сожжён также Иероним Пражский, один из его сподвижников.
Смерть Гуса стала одним из поводов Гуситских войн, между его последователями (гуситы) и католиками. Радикальные гуситы («табориты»), требовавшие религиозной реформы, потерпели поражение, умеренные гуситы («чашники») перешли на сторону католиков, поэтому Реформация в Чехии не состоялась. Небольшая часть таборитов и наиболее радикальных чашников, под покровительством архиепископа Рокицаны, объединились в общины чешских братьев, существующие до сих пор.
До сих пор католическая церковь не реабилитировала Гуса. Несмотря на это, в Чехии (где большинство верующих до общего кризиса религиозности в стране в XX в. составляли католики) Гус традиционно пользуется уважением как борец за национальную самобытность против немцев, существуют памятники, музеи и улицы, носящие его имя. Памятник Гусу воздвигнут на Староместской площади в Праге к 500-летию его казни в 1915. Кроме того, в 1918 г. возникла Чехословацкая гуситская церковь, имеющая в настоящий момент около 100 000 сторонников и поддерживающая экуменические отношения с Католической церковью.
Ян Гус оставил обширное литературное наследие, внёс большой вклад в разработку литературного средневекового чешского языка и кодификацию чешской орфографии.
