В 1265 году он был посвящён в тамплиеры в присутствии двух высокопоставленных служителей ордена — Эмбера де Пейро, генерального визитатора в Англии и Франции, и Амори де Ла Роша, магистра Франции. С 1275 года Моле участвовал в кампаниях ордена на Святой земле. В 1292 году избран Магистром ордена.
В 1291 году, после падения Акры, тамплиеры переместили свою штаб-квартиру на Кипр. Таким образом, орден покинул Святую землю, ради защиты которой он создавался. Жак де Моле ставил перед собой две важные задачи: во-первых, он должен был реформировать орден, а во-вторых — убедить папу и европейских монархов снарядить новый крестовый поход на Святую землю. Чтобы решить эти задачи, Моле дважды посещал Европу: в 1293—1296 гг. и в 1306—1307 гг.
В то же время, в ожидании большого крестового похода, Жак де Моле пытался вернуть утраченные орденом позиции на Святой земле. С этой целью в 1301 году тамплиеры захватили остров Арвад (Руад), находившийся недалеко от сирийского побережья. Однако они не смогли удержать его и в 1302 г. Арвад был сдан сарацинам.
Неудачи ордена способствовали нарастанию критики в его адрес. Ещё в 1274 году впервые встал вопрос об объединении двух ведущих военно-монашеских орденов — Храма и Госпиталя. В 1305 году папа Климент V вновь предложил объединить ордена. В своём письме Клименту Моле раскритиковал это предложение.
Во время своего второго визита в Европу Моле узнал об интригах короля Франции Филиппа IV против тамплиеров. Несдержанная жёсткость магистра, возможно, предопределила печальный конец его ордена. 13 октября (в пятницу) 1307 года Моле был арестован в Тампле — резиденции ордена в предместье Парижа. Три недели спустя Филипп IV разослал тайные инструкции своим чиновникам, после чего начались массовые аресты тамплиеров по всей стране. Закономерным продолжением расправы стал громкий многолетний процесс над орденом.
На процессе под жесточайшими пытками Моле несколько раз менял свои показания. В октябре 1307 года он признал, что в ордене существовал обычай отрекаться от Христа и плевать на крест. Однако на Рождество того же года, перед папскими уполномоченными магистр отказался от своих показаний. В августе 1308 года, в Шиноне, Моле вновь вернулся к первоначальным показаниям, а в 1309 году фактически отказался защищать орден. Судя по всему, он надеялся на аудиенцию папы, которая так и не состоялась. На последнем слушании в марте 1314 года Моле отрёкся от всех своих показаний и заявил, что орден тамплиеров невиновен. Сожжён на костре 18 марта 1314 года в Париже как повторно впавший в ересь
Существует легенда о проклятии де Моле. Согласно Жоффруа Парижскому, 18 марта 1314 года Жак де Моле, взойдя на костёр, вызвал на Божий суд французского короля Филиппа IV, его советника Гийома де Ногарэ и папу Климента V. Климент V умер 20 апреля 1314 года, Филипп IV — 29 ноября 1314 года. По поводу причин их смерти до настоящего времени существуют различные версии — от обычных физических до оккультных. Личность Гийома де Ногарэ фигурирует в этой легенде по ошибке. Ногарэ скончался за год до этих событий, в марте 1313 года.
